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Die spagyrische Verarbeitung von Arzneipflanzen bewirkt eine grösstmögliche Aktivierung aller arzneilichen Heilkräfte. Der spagyrische Prozess lässt aus den stark wirksamen Stoffen der Arzneipflanzen - um mit Paracelsus zu sprechen - "Balsamen" entstehen, ein "gesegnetes Arcanum", das keine toxischen Wirkungen aufweist und als geistiges Prinzip der Arzneipflanzen aufzufassen ist.

Spagyrik oder Spagirik (Griechisch spao = "trennen" und ageiro = "vereinigen, zusammenführen") ist ein Begriff aus der Alchemie. Die ältesten Hinweise auf eine Existenz der Alchemie findet man in China, Indien und Ägypten. Der bekannteste und zugleich letzte bekannte europäische Alchemist und Spagyriker war Paracelsus.

Nach Ansicht der Spagyriker enthält jede Substanz ein reines und gutes und ein dem widerstrebendes feindliches Prinzip. Diese Erkenntnis veranlasste die Spagyriker durch ein geeignetes Verfahren das Gute vom Bösen, das Grobe vom Feinen, das Geistige vom Materiellen, das Heilsame vom Gift zu trennen oder zu scheiden. Diese Scheidekunst nannte man die "Ars spagyrica". Die Spagyriker entwickelten eine spezifische Methode der Aufbereitung pflanzlicher und mineralischer Substanzen. Zur Anwendung kommen hierbei Gärung, Destillation, Veraschung, Extraktion und Filtration.

Hierbei wird die Ausgangssubstanz zunächst in diverse Bestandteile geteilt und dabei das Wertvolle vom Nutzlosen getrennt. Durch eine Art Neukomposition werden die aufgeschlossenen Bestandteile wieder vereint. Das System der Spagyrik hat somit zum Ziel, das gute, aufbauende, heilende und kraftspendende Prinzip einer jeden Pflanze oder Substanz, die zu Heilzwecken genommen werden soll, von dem bösen, zerstörenden, krankmachenden, dem Gift zu trennen und wenn möglich durch Veredelung zu erhöhen. Diese so entstehenden spagyrischen Mittel enthalten die kräftigsten Substanzen in veredelter Form und sind somit therapeutisch heilkräftiger als das Ausgangsmaterial.

Pflanzliche und metallische Zubereitungen sorgen mittels Konjugation für Kräfteaktivierung und Heilkrafterhöhung. Beim Anbau von Heilpflanzen spielen natürliche Rhythmen eine wichtige Rolle. Arzneien sind nur flüssig zu haben, denn ihre Komponenten verflüssigen sich im Trocknungsprozess (etwa zu Globuli), - die Spagyrik arbeitet mit indikationsbezogenen Heilkräften. Spagyrische Arzneimittel sind neben ganzheitlicher Diagnose und auf die spagryrische Philosophie bezogene integrale Therapien nur eine Säule der spagyrischen Therapie.

Die Spagyrik wird wie die Phytotherapie zur Naturheilkunde gezählt und die Homöopathie zur Alternativmedizin.
Obwohl einige spagyrische Verfahren in standardisierter Form in das amtliche Homöopathische Arzneibuch (HAB) übernommen wurden, bestehen keine Gemeinsamkeiten, die beiden Lehren befinden sich sogar in direktem Widerspruch. Während die Homöopathie versucht, den Körper mittels Informationen (dynamis, die Potenz oder Möglichkeit), die in eine neutrale Vehikelsubstanz imprägniert sind, nach dem Ähnlichkeitsprinzip zu einer heilenden Selbstregulation anzuregen, setzt die Spagyrik auf stoffliche und als Besonderheit auf energetische Mechanismen (energeia / Energie, die lebendigen Wirksamkeit).
Dabei sind die Wirkstoffe gar nicht oder zum Zweck der Dosierung nur wenig verdünnt. Die Spagyrik versucht im Gegensatz zur Homöopathie immer ein spezifisches energetisches Defizit aufzufüllen